灰指甲主要的原因就是真菌感染。治疗方案通常都是一边涂抹外用药物一边口服。口服药可选择盐酸特比萘芬或斯皮仁诺，用药时间一般在4-6个月。外用药物可以选择5％的阿莫罗芬擦剂。在外用药时要先用小刀或甲锉把病甲尽量去除干净，以促进药物吸收。由于指（趾）甲生长缓慢，所以治疗相对困难，关键在于坚持用药。平时要把袜子热水烫洗消毒。

甲真菌病首选口服药物，如盐酸特比萘芬片。这种药物的抗菌谱较窄，最好选择抗菌谱较宽的药物，以便更有效地治疗。伊曲康唑胶囊可以选择治疗，每周服用一次，每月一次，然后休息三周。第二个月再休息一周，休息三周。对肝脏的影响可能相对较小。治疗期间应监测肝功能的变化，因为抗真菌药物对肝脏有一定影响。

灰指甲也是一种真菌感染，所以治疗时需要应用抗真菌的药物。目前市面上使用的外用药比较频繁的是亮甲复方聚维酮碘搽剂，因为指甲具本身坚硬，药物很难渗透到甲床部位，所以要坚持使用，此方式比较适用于轻度灰指甲。较为严重的指甲建议采用内服外用共同使用的方法。