慢性细菌性前列腺炎治疗中复发率高，治疗时间长，单纯西医治疗效果不理想。一方面以给予抗生素为主，抗生素的选择决定于药物对细菌的敏感性。另一方面，前列腺组织存在药物透过屏障结构，必须考虑药物的抗菌力及透过能力来选择用药。
1.抗生素治疗
抗生素治疗是临床上治疗慢性前列腺炎的主要方法。由于前列腺表面有一层脂质包膜，大多数抗菌药物难以透过包膜，进入腺体，达到有效的抑菌浓度，并且细菌产生抗药性，分泌糖蛋白基质阻止抗生素进入细胞中，抑制抗生素的作用。所以在药物选择上，一定要注意一下问题：
(1)药物的脂溶性，许多药物都以扩散的方式通过生物膜，扩散通过主要依赖药物的脂溶性，一般认为非脂溶性药物通过缓慢。
(2)药物的解离度，药物的解离度对药物的转运有一定影响，药物一般由离子部分和非离子部分组成，一般只有非离子部分是脂溶性的，易于通过生物膜，因而药物的解离常数就决定了其非离子部分的扩散。如青霉素类因解离常数较低，当血浆PH值在7.4时，99.99%为离子型，难以进入前列腺内，所以很少使用。
(3)药物的抗微生物针对性，由于慢性细菌性前列腺炎治疗周期长，抗生素的使用一定要作体外药敏试验，据药敏结果选择适当的药物。
目前在临床上常用的抗生素首选奎诺酮类药物，其次是磺胺类药物。如怀疑有支原体，衣原体感染，选用阿奇霉素，对有培养结果并进行药敏试验者，应选用敏感的药物治疗。
在治疗中应该遵循有效、交替、坚持的原则，也就是治疗中应选用有效的抗生素，疗程足够，并交替使用。一般用药3天后患者症状会有轻微缓解，继续使用1～2个疗程后疗效逐渐明显，但对于3个疗程无效者，建议停用抗生素，或重做药敏试验或采用其他方法治疗。
2.α-受体阻滞剂
在前列腺炎的患者有排尿梗阻症状时，认为可能与膀胱颈、前列腺及尿道的a-受体的敏感性过高有关。使用α-受体阻滞剂能降低尿道压力，使紧张的膀胱颈和前列腺部尿道松弛，消除排尿时前列腺内尿液反流，减少细菌随尿液的逆流，改善其排尿刺激症状。这类药物有特拉唑嗪，阿夫唑嗪，坦索罗辛等。
3.非甾体类抗炎药
可通过阻断炎症过程而能起到减轻炎症、改善疼痛症状的短期作用，如消炎痛、布诺芬、别嘌呤醇等。
