药物治疗作为牙周炎的辅助治疗的重要方面，目前专家建议大家尽量采用局部控释的给药途经。局部用药可直接作用于病变部位，有效预防和减少菌斑的形成，是治疗牙周病的不错选择。目前治疗牙周病临床上应用最为广泛药物包括四环素族药物、西吡氯烷、三氯羟苯醚、阿莫西林等。
1、四环素族药物。为广谱抗生素，它进入人体后，分布较广，对骨组织亲和力大，对多种牙周致病菌均有抑制作用。常用药物有四环素、多西霉素和米诺霉素，口服四环素每次250毫克，每日4次，2周为1个疗程。或口服米诺霉素每日200毫克，2周为1个疗程。
2、漱口剂。漱口剂有洗必泰液(又称氯已定，是双胍类化合物)，每次2分钟，每日2次，连用2周，以及盐水液、过氧化氢液、碳酸氢钠液、1/5000高锰酸钾液、复方硼砂液、芳香漱口液等，可抑制菌斑的沉积，减少口腔内细菌的数量，控制炎症，起清洁和消毒口腔的作用。
3、西吡氯烷。又称西吡氯铵，是一种阳离子季铵化合物，可与细菌细胞壁上带负电荷的基团作用而杀灭细菌。有报道使用西吡氯烷溶液含漱，可使菌斑的量减少。其抗菌作用不如氯己定强，而副作用也比氯己定少，不少市售的含漱液中均有此成分。
4、甲硝唑(灭滴灵)。是目前治疗厌氧菌感染的首选药物，对牙周炎有很好疗效。它常与四环素、红霉素、螺旋霉素配合使用，疗效更佳。一般一次0.2克，每日3～4次，7～10日为1个疗程。妊娠及哺乳期妇女禁用。
5、螺旋霉素。为大环内酯类抗生素，进入血液循环后，主要分布在龈沟液、唾液、牙龈和颌骨中，能有效抑菌，对牙周急性炎症、牙周溢脓、出血者疗效优佳。一般每次口服0.2克，每日4次，连服5～7日为1个疗程。疗效可维持3～6个月。
6、罗红霉素。是新一代大环内酯类抗生素，用于急性牙周脓肿效果好。口服每次0.15克，每日2次。
7、三氯羟苯醚。是一种非离子性的广谱抗菌剂，过去数十年用于肥皂和除臭剂等，近年来作为含漱剂或加入牙膏中，具有抑制菌斑形成及抗炎的双重作用。但含漱后在口腔内停留时间短，抗菌斑作用不如在牙膏中明显。有报道用含0.15％的三氯羟苯醚含漱液含漱4周后，患者的菌斑指数较对照组明显降低。
8、氟化亚锡液。长期以来，氟化物一直被用于龋病的防治，近年的研究表明，使用0.05％或0.1％的氟化亚锡液含漱，还可有效地抑制菌斑的聚集，起到减轻牙龈炎的作用，可用于牙周疾病的预防和辅助治疗。但氟化亚锡不稳定，应使用新鲜配置的药液。
9、羟氨苄青霉素(阿莫西林)。为半合成的广谱抗生素，与甲硝唑合用治疗局限型青少年牙周炎和快速进展性牙周炎疗效好，还可用于急性牙周脓肿切开引流后的辅助治疗。口服每次500毫克，每日3次，饭后服，7日为1个疗程。
温馨提示：药物治疗应主要用于重度牙周炎患者、对常规牙周治疗反应不佳的患者及侵袭性牙周炎患者，必要时可以选择联合用药。对于那些用于全身严重感染的强效抗菌药物，尽量不用于治疗牙周炎，以保护这些药物的有效性。
