由于功能性消化不良的发病机理尚不完全清楚，个体的发病机制不尽相同。对于不同个体，根据不同症状，采用不同的治疗方式，是目前治疗功能性消化不良的主要措施。
(一)抑制胃酸分泌药
包括质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂。
一般用于以上腹痛、反酸、烧心为主要症状的患者。
(二)促胃肠动力药
一般适用于于上腹胀、早饱、嗳气为主要症状患者。多潘立酮10mg,3次/日，或莫沙必利5-10mg,3次/日，均在餐前15-30分钟服用，先用两周。可以改善由于胃肠动力障碍的功能性消化不良患者，可以促进胃排空。
(三)根除幽门螺杆菌治疗
Hp阳性的功能性消化不良患者，通过根除幽门螺杆菌感染，症状缓解率可达87%。美国胃肠病学会提出，鉴于消化性溃疡的危险性，对于无报警症状的年轻患者推荐应用无创伤性的Hp检测和治疗。因此，因此Hp感染的功能性消化不良患者，推荐进行抗幽门螺杆菌治疗，但是治疗前需要向患者解释治疗的获益和风险，解释其疗效、不良反应及治疗价值后，医患协商共同决定治疗。
(四)抗抑郁药
精神药物可以用于治疗顽固性功能性消化不良。常用的药物有三环类和5-HT再摄取抑制剂(SSRI)如百忧解、赛乐特等。研究发现，抗抑郁治疗可以明显改善部分顽固性功能性消化不良患者的临床症状，其机制可能是通过改变患者胃的机械感觉阈值和睡眠来完成的。抑郁如阿米替林;新的珍有选择性抑制5-羟色胺再摄取的抗抑郁药如帕罗西汀等，宜从小剂量开始，注意药物的不良反应。
(五) 胃肠动力和感觉调节剂
5-HT4受体激动剂替加色罗(泽马可)已经用于治疗便秘型的肠易激综合症。替加色罗可以增强肠道的动力，同时对感觉高敏的肠道引起的腹胀、腹痛等症状有效。因而，可改善功能性消化不良患者的上腹胀、早饱等症状，但是近来发现其有严重的不良反应，限制在临床的应用。
(六)内脏镇痛药
内脏镇痛药可以缓解因来源于胃十二指肠感觉传入异常导致的消化不良症状。国外研究资料表明，内脏镇痛药Fedotozine作为胃肠道传入神经元的末梢k受体的激动剂，可以显著改善上腹痛和恶心症状，总体症状积分明显改善。
5-HT3受体拮抗剂可用于动力障碍型的功能性消化不良，恩丹西隆可以明显改善餐后不适、饱胀和烧心等上消化道症状，目前认为可以用于治疗功能性消化不良。
奥曲肽是一种长效的生长激素的类似物。在健康人，可以诱发十二指肠的MMC III期的运动，认为其具有促动力作用和减低内脏感觉作用。
可用黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝、麦滋林-S等。
